與“神五”發射不同的是，“神六”不僅是2名宇航員在太空飛行5天多的時間，而且為迎接他們的安全歸來，基地不僅選擇了內蒙古四王子旗的主著陸場，還啟用了距發射現場100多公里外的副著陸場。
副著陸場系統的啟用，是這次“神六”發射的一項重要內容。在太空飛行5天多的時間，地球天氣將有許多不可預料的變化，為確保宇航員的生命安全，基地啟用了距發射場100多公里外的副著陸場。9月初，基地就在副著陸場進行了救生搜救演練。10月5日，航天中心的相關領導又駕機考察了副著陸場的情況，再一次體現了航天飛行“以人為本”的思想。副著陸系統的啟動大大降低了各種不可預測和不可抗拒的危險發生率，提高了飛船著陸的安全系數，最大限度確保了航天員的生命安全。
9月初，基地地面人員在副著陸場主要進行搜索救生演練。演練中以飛船著陸后為起點，由指揮通訊、測量搜索、醫療救護、安全保衛等專業人員組成的搜索救生大隊馬上開始行動。首先進行的是地面搜索任務。搜救車隊根據飛船計劃軌道的著陸點按隊形行進，在行進中不斷地探測和接受飛船著陸后專門裝置發出的信號。在地面車隊行進的同時，空中搜救的直升機對指定區域進行低空飛行和地毯式的搜索。發現目標后，整個搜救行動進入第二階段：現場處置。在指揮員沉著干練的指揮下，各小組人員有條不紊地同時開展工作，當一切準備就緒，指揮員下達開艙門的命令，這時飛船載人艙門被打開，航天員出艙。至此，完成了搜救行動的第三個程序：航天員現場救護。航天員被轉移上救護車后，搜救行動的最后兩個程序同時開始，一個是對返回艙的轉運，另一個是將航天員送往醫院檢查。
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